2016年，由于开始侵蚀世界的怪人“BugStar”=未知的电脑游戏病毒侵蚀开始。为了救助感染者，决定与BugStar战斗的天才玩家宝生永梦变身为假面骑士Ex-Aid。
内详
主人公三日月·奥古斯，从所属的民间警备公司克律塞安保公司（下称CGS）那里，接受了对少女库德莉亚·蓝那·伯恩斯坦的护卫任务。但CGS受到了摘取反叛之芽的武力组织加拉尔霍恩的袭击，于是在把三日月当做诱饵后撤退了。少年们的领袖奥尔加·伊兹卡认为这是个机会，并决定对虐待自己的大人们进行反击，而三日月被当做CGS动力炉来使用的“厄祭战”时代的机动战士——高达·巴巴托斯，向敌军发起挑战。
很久以前，地狱的芭罗慈遗迹被成功的封印了。如果那个封印被解除拥有灭世之力的上古地狱阎魔兽扎伊古将复活。邪恶之力蠢蠢欲动。为了阻止这一切，天空大地等特殊防卫队的队员和考古学家玉城有司前往遗迹一探究竟。
小智与皮卡丘新的冒险开始了！新的冒险舞台是自然资源丰富的阿罗拉地区。在阿罗拉地区这个四处都是蔚蓝的天空和蓝色的大海的地方，等待着小智和皮卡丘的是？新的宝可梦，新的伙伴，以及新的经历……新的冒险旅程终于拉开了帷幕！去吧！全力！大冒险！
身份不明的游戏病毒生命体来袭，人类将陷入前所未闻的危机。以恐怖的趋势扩大感染中，天空寺尊（假面骑士灵骑）也因为感染上这种病毒，失去了变身的能力。另一方面宝生永梦（假面骑士艾克赛德）追查敌人的真面目及感染源，但那正左右他自身的命运的“重大的真实”有着连系关系。被堵住去路的艾克赛德与灵骑。谁能在这穷途末路的危机下拯救这两名假面骑士及人类们，那么，只有那些男人们。
《境界之轮回S2》继续讲述能看见鬼魂的少女真宫樱和从事类似死神工作的古怪少年六道轮回一起将在阳世仍有憾事未了、徘徊在人间的鬼魂送上轮回之轮的冒险故事。
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45年前，一位男人被邪恶的秘密组织修卡改造，从那一天以来，这名男人为了守护人类的自由持续战斗。他的名字是本乡猛，是在这个世界最初诞生的假面骑士。在海外长年与邪恶周旋的猛，因为查探到一名少女的危机而紧急回国。少女的存在对于使修卡最高干部的地狱大使复活所不可欠缺，此外亦与寻找著修卡盯上少女之原因的天空寺尊（假面骑士灵骑）及其同伴们相遇。
在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量，竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司！命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。就是在这种情况下，在清洁干净的房屋中一步也不出去的平稳生活着的青年水泽悠和只靠野生的直觉和战斗力的像野兽一样的活着的男人鹰山仁相识，慢慢懂得了在“Amazons”的激烈的生存斗争中生存下去的故事。
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