宇宙突如其来的陨石，财团X为了取得附在其表面的物质而派员采集，传说中的7人骑士分别在世界各地阻止他们的行动。核心硬币与天文装置，就是财团X接下来的目的。因陨石的冲击导致空间扭曲，制造出虫洞连接40年后的时代的未来（2051年）。使用未来核心硬币的假面骑士波塞冬因此来到40年前的现代的现在（2011年），战斗的欲望驱使他企图消灭此年代的假面骑士。
来自真新镇的10岁少年小智以成为精灵宝可梦训练大师为目标，即将踏上修行之旅。要知道，精灵宝可梦训练师与宝可梦在冒险时总是时时刻刻在一起，可以说是共同成长的伙伴。而且在共同的生活中产生的彼此的友情力量会让宝可梦在战斗中更加强大。所以，拥有一只适合自己的宝可梦对于宝可梦训练师来说是多么重要！可是，小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选精灵宝可梦的资格，于是，他领走了一只被挑剩下的宝可梦——皮卡丘。皮卡丘虽然长相可爱，但性格内向而不亲近人类，稍有不满就乱放电，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。
身为名钢琴家之子的优秀音乐大学生千秋真一。想要赴欧学习指挥，却因为飞机恐惧症而一直无法出国。某天，不可思议的女子野田惠，突然出现在他面前，住在垃圾房里的她，是个无可救药的怪人？这女子的出现会对真一有什么影响呢？
本次的故事发生在全新的冒险舞台——“合众地方”。其蓝本是第五世代游戏（口袋妖怪黑白）。小智与皮卡丘和新伙伴艾莉丝、天桐一起展开为了追寻梦想和冒险以及和各种各样神奇宝贝的邂逅的旅行。
鸿上美术馆内的石棺被意外打开，被封印了800年的“贪欲者”就此复活，贪欲者由核心硬币和细胞硬币构成，为了收集硬币，贪欲者制造出噬欲怪来吸收人类的欲望，从而转化为细胞硬币。贪欲者之一的安库因只复活了一条手臂而不得不依靠人类男子火野映司来帮助他收集硬币，映司从安库那拿到变身器和三枚核心硬币，变身为假面骑士欧兹！
自风都塔建立30年以来，风都的和平持续了相当长一段时间。但是就在这个夏天，这座平静的城市再起波澜。一群本应死亡的Dopont突然出现在街头，对周遭进行大肆破坏。左翔太郎和菲利浦合体变身为假面骑士W，风都警署警官照井龙则化身假面骑士阿克塞尔，与入侵的Dopont进行殊死搏斗。在国际特务调查机关员玛丽亚·S·克兰贝蒂的协助下，正义战士们击退了入侵者，却发现他们原本都是佩戴了盖亚记忆体的普通市民。从玛丽亚的口中得知，国际重犯大道克己及其邪恶组织“Never”的成员们劫持了编号A~Z的26个盖亚记忆体，他们的阴谋
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