主角工藤新一原本是一位颇具名声的高中生侦探，在目击黑暗组织的地下交易后，正准备追踪时却被突袭击昏，并被灌下代号为“APTX4869”的不明药物。后来虽然幸免于死，但身体就此缩小为小学时期的模样。之后他化名为江户川柯南，在邻居阿笠博士的建议下，寄住在女友毛利兰的父亲—侦探毛利小五郎家中，继续秘密从事追查黑暗组织的工作，并私下探寻获得解药的管道，希望能够恢复原来新一的样貌。与此同时，柯南凭着自己的推理天份，配合阿笠博士为他发明的道具，帮助毛利小五郎成为出名的大侦探。故事内容当中穿插许多爱情、友情、犯罪、背叛、
自从人类因突然出现的未知生命体「伽德鲁」而陷入灭亡的危机，已经过了漫长的岁月。残存的人们为了从「伽德鲁」的威胁当中自保，而建造了全高3,000M的巨大移动要塞「DECA-DENCE」，并在其中生活。住在"DECA-DENCE"当中的是日夜与「伽德鲁」战斗的战士「齿轮」，以及没有战斗力的「槽者」。憧憬着与伽德鲁战斗的战士「齿轮」、并梦想着自己也能成为「齿轮」的「槽者」少女·枣，某天遇到了态度冷淡的DECA-DENCE装甲修理人·镝木。不放弃梦想的乐观少女，与放弃了梦想的现
目标成为偶像而来到东京的高校一年生樱衣乃与老鼠庄的居民没人气的（原）童星萝可以及音乐人波游、模特仁菜一起，组成了新人偶像团体「水果挞」！为了拯救即将被拆除的老鼠庄，演艺界的吊车尾们手忙脚乱地从事着偶像活动！？
拥有着可以制裁伤害人类的恶灵并将其送往彼世的能力的天才魔法律执行人六冰透及其助手草野次郎，一直以来都有为恶灵所困扰的人们来向他们求助。和圆宙继战斗过后数日，六冰和次郎从魔监狱返回，终于回到了自己的日常生活之中。然而在这样的六冰等人的面前，执行人五岭陀罗尼丸的出现，将他们卷入了新的战斗之中——。
有 230 万人口，其中八成人口为学生的「学园都市」，是比其他地区科技更为先进，并从事「超能力开发」的特殊地区。而整座学园都市中仅有七人的等级 5 超能力者之一御坂美琴，由于她的能力与个性使然，因而被卷入了学园都市中所发生的种种事件……
与愿望的实现相反，不为人知的持续战斗的魔法少女们。但是环彩羽却忘记了自己的愿望。“当我成为魔法少女时，我许了什么愿望？”在日常生活中突然出现空洞。那些已经失去的重要的东西。毫无理由持续战斗的每天……。从那时起，有流言在魔法少女们之间纷传。“如果去神滨，魔法少女就会被拯救”神滨市是魔法少女和流言聚集的城市。为了寻求失去的愿望，环彩羽的故事开始了——
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