中情局特工维勒(尚格·云顿 饰)与美女搭档梅尔在保护一份机密文件的任务中被神秘组织追杀,梅尔牺牲,维勒被逮捕。醒来时维勒发现自己被囚禁在一艘核潜艇内,这里是CIA设在深海的一座与世隔绝的黑狱,他自己也变成了出卖国家机密的叛徒身份。 除了拷打维勒的探员帕特里克,潜艇上还有维勒的恩师爱德华、女见习生凯茜和被关押的德国特工马可(杜夫·龙格尔 饰),他们当中谁是盟友,谁是敌人?有人对维勒手中的机密文件感兴趣,有人却对离开深海恢复自由更感兴趣。维勒必须寻找队友,携手逃出生天,并自证清白……
故事发生在1963年,时值冷战期间,哑女艾丽莎在政府实验室里工作,是那里的一名清洁女工。年幼时,一场大病夺走了艾丽莎的声音,之后一直至今,她都在沉默之中过着形单影只的生活,全部的朋友就只有画家老头和同事塞尔达。一天,实验室里拉响了高度戒备的警报,一个神秘的装满了水的罐子被送了进来,艾丽莎震惊的发现,罐子里关着一个半人半鱼的怪异生物。在理查德的带领下,科学家团队想要在这怪物身上提炼出能够制造生物武器的物质,可是在艾丽莎眼中,它不过是一个和自己一样的孤独的生命体。随着时间的推移,艾尔莎和怪物之间竟然产生了感情