续集故事继续围绕杰克(汤姆·克鲁斯 饰)展开,他重回弗吉尼亚州的军事基地和苏珊·特纳少校会面,要解决一些个人问题。此时,特纳却意外被捕。杰克同时也陷入谜团,因为他被诬告犯有重罪,而且牵涉到一个自己完全不知道的小孩。这些,杰克都记不起来了。他要克服重重困难,去寻找特纳,最终解决问题。
进取号星舰遨游在太空,在人类和外星人中间传播好意,同时也在防范敌对星球有可能的攻击行为,因为有迹象表明,星际联盟的老对头罗木兰星球有可能发起新一轮的攻击。皮卡德船长和他的船员们也在小心翼翼的观察着事态的进展,时刻准备投入战斗...
一颗巨型小行星威胁说,在旨在阻止撞击的军事协议失败后,它有可能摧毁地球。