2020年,被选召的孩子们都长大成人。伴随着未知数码兽的出现,平静的生活被打破,世界即将再次掀起异变。在所有人的命运即将改变之时,八神太一等人再次集结。然而,伴随着战斗的拉响,他们面临与数码宝贝的分别。自1991年夏天开始的漫长冒险,即将迎来终结之时。这是八神太一和数码宝贝们故事的最终篇章,这是他们最后的冒险。
里昂在执行从绑匪手中解救安东尼奥泰勒博士的任务时,一个神秘女人挡住了他的任务。与此同时,克里斯正在调查旧金山爆发的僵尸事件,感染原因无法确定,唯一确定的是受害者最近都去过恶魔岛,根据这一线索,克里斯与他的团队前往这座小岛调查,那里有未知的恐怖在等待着他们。
2012年2月,东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅(20岁)和V仔兽修行拉面技艺的时候,遇到了虽然拿着有裂纹的数码器,但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽,我的搭档数码兽被我杀了,我是世界上最初和数码兽建立搭档关系的人类。”