本次的故事发生在全新的冒险舞台——“合众地方”。其蓝本是第五世代游戏（口袋妖怪黑白）。小智与皮卡丘和新伙伴艾莉丝、天桐一起展开为了追寻梦想和冒险以及和各种各样神奇宝贝的邂逅的旅行。
奥特战士们的故乡——M78星云“光之国”遭到神秘敌人的突然袭击，赛罗奥特曼对自己的力量过于自信，差点失手。在父亲赛文奥特曼的帮助下，赛罗奥特曼成功突围并消灭了敌人。为了弥补自己的草率，赛罗奥特曼只身一人担负起一探敌人真正身份的任务。他戴着父亲给予他的万能物品——奥特手镯，向着未知的宇宙空间，独自踏上旅途。在旅途中，赛罗感受到有声音在召唤他，赛罗跟着召唤他的声音，来到了一个未知的行星。赛罗在拯救行星上的人们时，他和身负重伤、奄奄一息的青年“岚”以及他的弟弟“小治”相遇。赛罗奥特曼被岚的勇气所感动，与他合为一
故事的主人公是喜欢魔法的高中生黒羽快斗，他的父亲是在8年前因事故而死亡的大魔法师·黒羽盗一。某日，他在房间一栋隐秘门中发现传说中的怪盗基德的衣服，于是他打算会见基德。在那里，他遇到了父亲过去的同伴·寺井，并得知父亲就是怪盗基德，而且死因不是事故死而是他杀。于是，快斗为查出杀害父亲的犯人，而自己成为了基德。本作和《名侦探柯南》有不少共通点。例如怪盗基德在两作中均有出现、迷之组织的登场、主人公真正身份不被世人所知，等等，感觉就像是融合了魔法元素的柯南。
内详
主角仓下月海是一名梦想着成为插画家，并且非常喜欢水母的女孩。她为了梦想而来到东京，后入住了女生公寓“天水馆”，这里的住客大多是宅女，对她们来讲拥有时尚感的人就全是她们的敌人。一天，为了营救水母，月海遇到了一名超美的伪娘。于是发生在宅女、伪娘之间的故事就此展开。备注：本作品中的“腐女子”并不是本来的意义的“腐女子”，而是指近几年开始出现的，不太在意如流行事物、恋爱等普通女性所关心的话题，只热衷于某种特殊事物爱好的女性，所以更倾向于“宅女”。
身为名钢琴家之子的优秀音乐大学生千秋真一。想要赴欧学习指挥，却因为飞机恐惧症而一直无法出国。某天，不可思议的女子野田惠，突然出现在他面前，住在垃圾房里的她，是个无可救药的怪人？这女子的出现会对真一有什么影响呢？
扎塔天文先锋队在执行任务时，收到了神秘的求救信号。日向、雷等人迅速驾驶盘龙号前往救援，但却被吸进了扭曲的空间中。在扭曲空间里他们发现了一颗行星，而求救信号正是从这颗星球发出的。正当盘龙号准备降落的时候，半空中突然出现了机械哥莫拉。这头机械哥莫拉一出现就直接攻击盘龙号，盘龙号只好被迫应战。一场激烈交战后，盘龙号被击落，日向船长只好迫降飞船。当日向、雷等人从飞船出来后，前去寻找求救信号的发出地点。结果他们遇见了其他次元的自己。经过调查，众人发现原来在这个星球上，有神秘的外星人正在进行一项秘密实验，这里的空间是
文久三年、冬。来到京城找寻父亲下落的雪村千鹤，突然遭到嗜血怪物的袭击。此时救了千鹤一命的，正是让人闻之色变的「杀人集团」新选组成员－冲田总司、斋藤一与土方岁三。在大雪纷飞的夜晚，千鹤与新选组纠缠的命运开始转动了。
ZAP SPACY收到了求救信号，雷等人迅速驾驶盘龙号前往，但却被吸进扭曲空间。在扭曲空间的一颗惑星上，雷他们遇见了其他次元的自己，并且出现了一头机械哥莫拉。原来在这个星球上，莎乐美星人正在进行秘密试验，令所有次元的联系都集结在一起。雷召唤的哥莫拉不敌机械哥莫拉，正当危急之际，赛罗奥特曼出现营救。而为了计划的继续进行，莎乐美星人启动了黑暗独眼巨人赛罗。
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