2012年2月,东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅(20岁)和V仔兽修行拉面技艺的时候,遇到了虽然拿着有裂纹的数码器,但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽,我的搭档数码兽被我杀了,我是世界上最初和数码兽建立搭档关系的人类。”
渔夫陈越、旅行作家钟鸣等人前去一座神秘的无名岛,不料却被丧心病狂的生物研究教授沈临川跟踪,岛上不仅有教授派来的杀手危机四伏,更有深海巨蟒盘踞袭击。陈越、钟鸣等人在生死逃生之际摒弃成见、相互配合,最终成功脱险。
拥有四大神兽能力的四位少年勇士,为消灭被大魔王邪气感染的十二兽斗士,经历了诸多磨难和考验,最终战胜了十二魔兽。然而令人意想不到的是,大魔王罗孛摆脱了封印,四个少年将如何面对强大的敌人。
保罗·厄崔迪与契妮和弗雷曼人会合后展开的传奇旅程:对让他家破人亡的阴谋家开战,同时面临着一生所爱与已知宇宙命运的两难选择,决定尽力去阻止他能够预见的可怕未来。